日本からキューバへの直行便はない。一般的にはカナダからフライトする。経由するカナダの都市はトロントが便利。航空会社はエアカナダAir Canadaが利用でき、所用3時間30分ほど。またメキシコのメキシコ・シティやカンクンからも入国することができ、キューバ国営のクバーナ航空 Cubana de Aviacionか、メキシカーナ航空Mexicana de Aviacionが利用できる。カンクンから所要1時間30分ほど。また、アメリカ経由でジャマイカなどカリブ海の島に息、そこからキューバに入国することもできる。キューバの玄関口はハバナのホセ・マルティ国際空港Jose Marti Internacional Airportで、国際線のほとんどは第3ターミナルの利用になる。